Kommentare zu: GoPubMed

Von: Philipp_Mayr

Philipp_Mayr — Thu, 11 May 2006 14:04:09 +0000

sehe ich das richtig?
Zu erst wird im Freitext in Pubmed Doks. gesucht (z.B. “Abnormalities”) und anschließend kann man über die Gene Ontology die Suche z.B. weiter einschränken (z.B. and GO term “catalytic activity”).
Ergebnis wäre folgende Anfrage: Results for “Abnormalities” and GO term “catalytic activity”

Warum nicht mit einer MeSH Deskriptorensuche in Pubmed beginnen und dann weiter wie bisher mit GO term?
Für welche Benutzer ist die Suchmaschine eigentlich konzipiert?
Wie wollt ihr die 1 Sec. schaffen? Hardware?

Von: Andreas Doms

Andreas Doms — Thu, 11 May 2006 10:48:56 +0000

Im Zusammenhang mit GoPubMed nutzen wir die Gene Ontology momentan tatsächlich nur wie ein Thesaurus.
Ich denke auch wir erleben “Renaissance der Thesauri” jedoch unter dem Deckmantel vom Ontologie Hype. Es ist fraglich ob komplexe Ontologien im so genanten Semantic Web irgendwann intensiv Verwendung finden. Die Erstellung und Wartung entspricht in der Komplexität der Erstellung eines komplexen Softwareentwurfs. Das ist keine leichte Aufgabe und sie wird vielen Fachleuten (z.B. Biologen) schwer fallen.

Die leichtgewichtigen Ontologien (oder Thesauri) können aber gut genutzt werden um Fachliteratur zu kommentieren. Mit Hilfe dieser Kommentare können große Literaturbestände dann besser recherchiert werden. Eine gut sortierte MP3 Datenbank mit vollständigen ID3 Tags ist ja auch sehr viel besser zu durchstöbern.

Wir arbeiten übrigens daran die 20 Sekunden auf Eine zu verkürzen. Für weitere Kritik bin ich sehr offen. Interessant könnte auch das neue Feature “HotTopic” in der neuen Version von GoPubMed sein.

Von: Philipp_Mayr

Philipp_Mayr — Fri, 28 Apr 2006 18:15:29 +0000

“Thesauri am aussterben”?. Das glaube ich kaum. Eher anders herum – “Renaissance der Thesauri”. Ich glaube vielmehr, dass der Ontologie Begriff etwas überstrapaziert ist.

Von: Jakob

Jakob — Fri, 28 Apr 2006 09:13:45 +0000

Die Gene Ontology scheint eher ein Thesaurus mit einigen zusätzlichen Relationen zu sein, aber der Begriff Thesaurus ist anscheinend eh am aussterben:

GO terms are organized in structures called directed acyclic graphs (DAGs)

quelle Interessant ist unter Anderem die Differenzierung der Synonymrelation und die Möglichkeit zusätzliche Relationen zu definieren. Weiteres siehe hier.